Ma chi l'ha detto che ClickOnce non puo' funzionare su FireFox??
Quando in Internet Explorer clicchiamo su un file .application, l'estensione del deployment manifest di ClickOnce, il browser scarica il file nella directory temporanea e invoca l'handler associato al file che, sbirciando da Windows Explorer | Opzioni Cartella | Tipi di file equivale a: rundll32.exe dfshim.dll,ShOpenVerbApplication %1. IE non si limita ad eseguire l'handler associato, ma parserizza e legge il contenuto del deployment manifest e passa l'url originale come parametro (lo riconoscete dal %1).
In FireFox, invece, il .application viene trattato come un qualsiasi file. Questo significa che compare la classica dialog Open/Save e nel primo caso viene semplicemente eseguito il programma ad esso associato (rundll32.exe ...).
UPDATE: Aggiungo che il manifest, così come le sue dipendenze, vengono scaricate nella directory C:\Documents and Settings\<nomeutente>\Impostazioni locali\Temp invece della cartella C:\Documents and Settings\<nomeutente>\Impostazioni locali\Apps\2.0 propria di ClickOnce.
Fortunatamente è disponibile una estensione che emula il comportamento di IE anche su FireFox. Anche se la versione attuale è solo la 0.4, pare abbastanza stabile. FFClickOnce, il nome dell'estensione, aggiunge la dicitura Run ClickOnce Application alla dialog Open/Save di Firefox, risolvendo anche il problema legato alla directory di esecuzione. Per gli interessati è possibile scaricarla ed installarla da questo link: http://www.softwarepunk.com/ffclickonce.